ɫɫ

Uutiset

Elimistön puolustusjärjestelmä voi olla verisyöpäsolujen ystävä tai vihollinen

Helsingin yliopiston ja Aalto-yliopiston tutkijat ovat osoittaneet, että kehon immuunijärjestelmä hyökkää itseään vastaan harvinaisessa verisyövässä. Tutkimus voi johtaa paremmin kohdennettuihin hoitoihin sekä parempaan ymmärrykseen immuunijärjestelmän roolista muissa syöpätyypeissä.
an illustration of large granular lymphocyte leukemia cell
Yksisoluteknologioiden avulla on mahdollista tutkia yksittäisten solujen ominaisuuksia sekä verrata normaaleja soluja sekä syöpäsoluja (violetti). Kuva: Claudiu Cotta

Nykyiset hoitomenetelmät suurten granulaaristen lymfosyyttien leukemiassa (LGL-leukemia) perustuvat ajatukseen siitä, että syöpäsolut hyökkäävät kehon omia kudoksia vastaan. Aikaisempi tutkimus verisyöpätyypissä on keskittynyt näiden syöpäsolujen tutkimiseen ja niiden haavoittuvaisuuksien selvittämiseen.

”Tutkimusryhmämme osoitti 10 vuotta sitten, että LGL-syöpäsoluissa on tyypillisesti mutaatio STAT3-geenissä. Tätä löydöstä käytetään nyt maailmanlaajuisesti potilaiden sairauden toteamisessa”, kertoo translationaalisen hematologian professori Satu Mustjoki Helsingin yliopistosta.

Tauti johtaa vain harvoin kuolemaan, mutta aiheuttaa siitä kärsiville potilaille kroonisia oireita, kuten korostuneen infektioriskin, anemiaa ja nivelkipuja. Hoitomenetelmien haaste on ollut vaihteleva hoitovaste.

”Nykyiset hoitomenetelmät ovat kohdennettu syöpäsoluihin ja niiden haavoittuvaisuuksiin”, kertoo lääkäri ja äö쾱Ჹٳٰܳ쾱Ჹ Jani Huuhtanen Helsingin yliopistosta ja Aalto-yliopistosta. ”On osoittautunut mahdottomaksi ennakoida hoitojen tehoa eri potilailla, koska osalla potilaista syöpäsolujen aktiivisuus ja määrä laskevat, mutta oireet säilyvät. Toisilla potilailla vaikutus on päinvastainen.”

Satu Mustjoen tutkimusryhmä lähestyi ongelmaa uudesta näkökulmasta ja alkoi tutkia muiden immuunijärjestelmän solujen roolia, hyödyntäen yksisoluteknologioita ja koneoppimismallia, jonka ryhmä on kehittänyt yhteistyössä Aalto-yliopiston kanssa. Näiden tutkimustekniikoiden avulla ryhmä löysi yllättävän yhteyden.

”LGL-leukemiaa sairastavilla potilailla puolustusjärjestelmä toimii ylikierroksilla ja kannustaa syöpäsoluja jatkamaan lisääntymistään tarjoten edullisen kasvuympäristön”, kertoo äö쾱Ჹٳٰܳ쾱Ჹ Dipabarna Bhattacharya Helsingin yliopistosta.

Laajalla kansainvälisellä aineistolla tehty tutkimus osoitti, että kyseisessä leukemiatyypissä poikkeavien syöpäsolujen lisäksi koko elimistön puolustusjärjestelmä on selkeästi erilainen toisiin syöpiin verrattuna. Tutkimustulos voi edistää nykyisiä hoitomenetelmiä merkittävällä tavalla.

“Tutkimuksemme voi selittää havaittua epäsuhtaa LGL-syöpäsolujen aktiivisuuden, niiden määrän ja oireiden välillä”, kertoo Huuhtanen. ”Puolustusjärjestelmä tekee yhteistyötä verisyöpäsolujen kanssa, joten hoitomenetelmien tulisi keskittyä hillitsemään koko immuunijärjestelmää – ei pelkästään syöpäsoluja – jotta voimme parantaa potilaiden elämänlaatua.”

Portait of Jani Huuhtanen, licentiate in medicine at University of Helsinki and Aalto University
"Tähän asti on tutkittu pääasiassa näitä LGL-syöpäsoluja, mutta mietimme, voisivatko myös potilaan puolustusjärjestelmän muut solut olla osallisena sairaudessa", sanoo Huuhtanen.

Koneoppimismallit kehityksen kärjessä

Normaalien puolustusjärjestelmien solujen erottelu verisyöpäsoluista on ollut erityisen hankalaa perinteisillä menetelmillä. LGL-leukemian tapauksessa syöpäsolut muistuttavat hyvin paljon veren normaaleja T-soluja. Mustjoen tutkimusryhmä selätti haasteen tukeutumalla yksisoluteknologioihin sekä laskennalliseen biologiaan ja onnistui ensimmäistä kertaa  erottelemaan syöpäsolut T-soluista ja vertailemaan niitä keskenään.  

”Yksisoluteknologiat avaavat aivan uudenlaisia mahdollisuuksia tutkimukselle”, kertoo immunologian dosentti Tiina Kelkka Helsingin yliopistosta.

Yksisoluteknologioiden avulla on mahdollista analysoida immuunisolujen keskeisiä reseptoriproteiineja. Nämä reseptorit määrittelevät minkälaisia syöpäsoluja tai taudinaiheuttajia vastaan solu kykenee puolustamaan. Edistyneitä koneoppimistyökaluja tarvitaan tämän datan analyysia varten.

”Tutkimuksessa käytettiin useita koneoppimiseen perustuvia laskennan tekniikoita. Tilastollisen koneoppimisen sekä tekoälytutkimuksen mallit ovat osoittautuneet erittäin tehokkaiksi yksisoluteknologioiden data-analyysissa”, kertoo laskennallisen biologian ja koneoppimisen professori Harri Lähdesmäki

Tutkimusryhmä hyödynsi myös Aalto-yliopiston tietotekniikan laitoksella kehitettyä avoimen lähdekoodin koneoppimismallia datan analyysiin. Mallia on käytetty onnistuneesti muun muassa koronaviruksen tutkimuksessa.

”Koneoppimisen tarjoamat mahdollisuudet ovat kaikista mielenkiintoisin piirre muuttuvassa lääketieteen tutkimuksessa”, kertoo Huuhtanen, joka työstää väitöskirjaansa Helsingin yliopistossa ja Aalto-yliopiston tietotekniikan laitoksella. ”Laskennallisten metodien avulla voimme lähestyä alati kasvavaa lääketieteellistä dataa ilman lähtöoletuksia ja katsoa mihin data meidät johdattaa.”

Mustjoen tutkimusryhmä uskoo, että hyödyntämällä samoja tutkimustekniikoita, on mahdollista tehdä samansuuntaisia löydöksiä myös muiden syöpätyyppien ja immuunijärjestelmän yhteydestä.

Tutkimus on julkaistu arvostetussa .

äپٴᲹ:

Artikkeli: 

Dipabarna Bhattacharya
äö쾱Ჹٳٰܳ쾱Ჹ
Helsingin yliopisto
dipabarna.bhattacharya@helsinki.fi

Jani Huuhtanen
lääkäri ja äö쾱Ჹٳٰܳ쾱Ჹ
Helsingin yliopisto ja Aalto-yliopisto
jani.huuhtanen@helsinki.fi
puh. 050 435 0191

Harri Lähdesmäki
professori
Aalto-yliopisto
harri.lahdesmaki@aalto.fi

Satu Mustjoki
professori
Helsingin yliopisto
satu.mustjoki@helsinki.fi

Lue lisää avoimen lähdekoodin koneoppimismallista:

: Kuvan on tehnyt Jani Huuhtanen Biorender.com -sovelluksella.

Suomalaistutkijoiden kehittämä tekoäly ennustaa, mikä puolustusjärjestelmän avain sopii koronaviruksen lukkoihin

Aalto-yliopiston ja Helsingin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet tekoälymallin, jonka avulla tutkijat pystyvät yhdistämään puolustusjärjestelmän solut kohteeseensa ja vastaamaan esimerkiksi siihen, mitkä valkosolut tunnistavat koronavirusta. Työkalulla on laajamittaisia käyttömahdollisuuksia, kun yritetään ymmärtää puolustusjärjestelmän toimintaa tulehduksissa, autoimmuunisairauksissa ja syövissä.

Uutiset
  • äٱٳٲ:
  • Julkaistu:
Jaa
URL kopioitu

Lue lisää uutisia

Vasemmassa kuvassa immuniteetti on paikallinen, kun oikeassa kuvassa se on satunnainen. Kuva: Jari Saramäen tutkimusryhmä, Aalto-yliopisto.
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tuore tutkimus osoittaa: Pandemioissa laumaimmuniteetti ei jakaudu tasaisesti

Pandemioiden torjunnassa ihmisten välisten sosiaalisten verkostojen ymmärtäminen on yhtä tärkeää kuin tietää, kuinka moni on immuuni.
Hehkuva kaksosprosessori pimeällä emolevyllä, futuristisia valotehosteita ja yksityiskohtaista piirikaavassa.
Mediatiedotteet, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Kvanttiennätys: kubitti pysyi koherenttina millisekunnin ajan

Kvanttilaskennan tehokkuusloikkaa ennakoivan tuloksen tekijät kannustavat muita tutkimusryhmiä toisintamaan kokeen.
Ilmakuva rannikkokaupungista, jossa on lukuisia rakennuksia, venesatama ja veneitä. Kaupunkia ympäröi vesi ja puut.
Mediatiedotteet, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tutkimus: Uusien rakennusten päästöistä 70 prosenttia tulee rakentamisesta – eikä sitä huomioida tarpeeksi

Energiatehokkuus ja uusiutuvan energian käyttö ovat vähentäneet uudisrakennusten elinkaaripäästöjä, mutta rakentamisen päästöt eivät ole laskeneet. Viheralueiden vaaliminen ja puurakentamisen suosiminen tekisi rakentamisesta kestävämpää, korostavat tutkijat.
Kaavio, joka näyttää metasurfaceen jäähdytys- ja lämmitystehosteet, esimerkkejä valkoisista ja harmaista metasurfaces talvella ja pilvissä.
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tutkijat keksivät väriä ja lämpötilaa vaihtavan nanopilven, joka hämää lämpökameroita

Luonnon innoittamat metapinnat toimivat kuin pilvi mahdollistaen päiväsaikaan viilennyksen, lämmityksen ja lämpönaamioinnin – kaikki yhdessä ratkaisussa.